La vegetazione che caratterizza il bosco è costituita prevalentemente da leccio (Quercus ilex) nella sua forma arborea, con un fitto ed intricato sottobosco di sclerofille sempreverdi, inquadrabile nell’associazione fitosociologica Cyclamino hederifolii-quercetum ilicis subass. myrtetosum communis. All’interno dell’area boscata è presente un piccolissimo rimboschimento costituito dal pino (Pinus halepensis) e dall’eucalipto (Eucalyptus camaldulensis) specie di origine alloctona e ormai spontaneizzato.

Si tratta di formazioni arbustive di tipiche sclerofille mediterranee, localizzate nell’area boschiva e in piccoli altri lembi dell’area Parco, residui dell’antica copertura vegetazionale macchiosa. Tra le specie che la identificano predominano lentisco (Pistacia lentiscus) e mirto (Myrtus communis). Vi è, inoltre, un’elevata presenza di altre specie caratteristiche della flora eliofila e termofila mediterranea, quali alaterno (Rhammus alaternus), dafne gnidio (Daphne gnidium) e fillirea (Phillyrea latifolia).

Nelle radure rocciose interne al bosco e in aree non interessate da pratiche agricole, la vegetazione è spesso caratterizzata da bassi arbusti e suffrutici non più alti di 30-40 cm e con forte discontinuità nella copertura vegetale. Questo tipo di vegetazione è anche tipica delle forme di degradazione della copertura macchiosa e tende a prevalere sui suoli aridi e degradati sotto il profilo pedologico. Gli arbusti che la costituiscono sono spesso d’aspetto microfillico hanno, cioè, foglie ridotte e squamiformi come conseguenza dell’adattamento a condizioni di spiccata aridità del suolo. Predominano la santoreggia pugliese (Satureja cuneifolia), l’eliantemo ionico (Helianthemum jonium), il timo (Thymbra capitata), il cisto di Creta (Cistus creticus), il cisto di Montpellier (Cistus monspeliensis).

Tale area è a carattere stagionale e, quindi, tende ad allargarsi durante il periodo autunnale e invernale, e ad asciugarsi quasi completamente in superficie durante il periodo estivo. La vegetazione igrofila prevalente è costituita dalla cannuccia di palude (Phragmites australis) nelle aree a più bassa salinità e dalla canna del Po (Tripidium ravennae) nelle aree su substrato umido e sabbioso.

In alcune zone, a causa dello sviluppo dei rizomi della cannuccia di palude, si assiste a fenomeni di interrimento naturale con lo sviluppo di elementi di vegetazione a macchia mediterranea. In aree circoscritte, dove il ristagno idrico è più durevole e la salinità più elevata, si instaura una vegetazione “bentonica algale”, che durante i periodi di siccità, rimangono all’asciutto originando dei caratteristici feltri biancastri.

Nei bacini e nei canali di bonifica è caratteristica una vegetazione idrofitica sommersa e fluttuante rappresentata da brasca pettinata (Stuckenia pectinata) e da erba da chiozzi spiralata (Ruppia spiralis).

La tipica vegetazione psammofila è costituita da specie fortemente adattate alle severe condizioni di insolazione, alle forti escursioni termiche e alla salinità più o meno elevata che caratterizza gli ambienti del litorale.

Sulla spiaggia sono presenti esemplari di ravastrello marittimo (Cakile maritima) e salsola caprina (Salsola tragus), vegetazione annuale pioniera a carattere alonitrofilo. Alla base dell’avanduna, lo sporobolo delle spiagge (Sporobolus virginicus) e la gramigna delle spiagge (Thinopyrum junceum) contribuiscono con il loro sviluppato apparato radicale, alla formazione delle dune embrionali. La cresta delle dune è stabilizzata da specie quali sparto meridionale (Calamagrostis arenaria), festuca falascona (Arundinacea), carota di mare (Echinophora spinosa), vilucchio marittimo (Convolvulus soldanella), calcatreppola marittima (Eryngium maritimum).